入境动物需要办理的检验检疫手续主要有四个方面：
一是办理检疫审批。对输入或过境运输动物、动物产品必须提前办理检疫审批手续，取得进境许可证，以防止进口企业不了解国外疫情和我国法律的具体规定，盲目进口，在货物抵达口岸时因违法违章而被退货或者销毁，造成经济损失。检疫审批实行两级审批制度：地方检验检疫局预审和国家质量监督检疫总局终审。两级审批制度的实施可以有效降低了带疫货物入境的几率，避免企业不必要的经济损失。
二是办理境外预检。对进境种用动物，派出专家到输出国了解产地疫情情况，监督输出国严格执行双方签订的动物健康议定书，是进境动物检疫工作中一项非常重要的措施，对防止动物疫病疫情传入起到了非常积极、有效的作用。目前该项措施已逐渐引申到其他高风险、敏感动物产品。
三是办理检疫报检。对进境或过境的动物、动物产品必须向出入境检验检疫机关报检。对报检单证的审核是货物入境查验的第一关，地方格检验检疫机构制定了严格的报检规定和程序。通过对许可证和国外官方检疫证书的审核，杜绝不符合规定的货物通关入境。
四是办理现场检疫和隔离检疫。对进境动物、动物产品实施检疫是整个动物检疫的主要环节。在货物抵达进境口岸时检疫人员登
机、登船或到货物停放地进行现场检疫，通过核对货证、查验运输记录、现场检查和实施防疫消毒处理，将不合格货物阻截于国门之外。对输入动物的，通过现场检疫不能完全确定货物是否带疫，还将实施隔离检疫，必要时按规定抽样进行实验室检疫，使通过进境动物传播疫病疫情的风险降至最低。
另外，检验检疫机构还对入境的动物进行检疫监督，它是动物检疫的延续，对虽经检疫但仍然存在传播疫病疫情风险的某些动物、动物产品，有必要对其进境后的生产、加工、存放过程实行检疫监督。通过对生产、加工、存放单位实行注册登记制度、控制加工流程、建立健全防疫体系和管理体系等，确保进境动物、动物产品的安全卫生。
最后，检验检疫机构还对经检疫不合格的动物进行检疫处理，采取强制性处理措施如除害、扑杀、销毁、退回等手段，有效阻止带有疫病疫情的货物入境或造成疫情传播。
下面以进口澳大利亚奶牛为例说明：我国的奶牛进口实行进口检疫许可证管理，种牛进口实行审批管理。种牛进口审批根据《种畜禽管理条例》和《种畜禽管理条例实施细则》，进口种牛需获得农业部畜牧兽医局许可，并可免收进口税。进口检疫许可根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》规定，在签订贸易合同之前，进口商或接收单位应向质检总局提出申请，办理进口奶牛检疫审批手续。通过审批并获得相关的进境检疫许可证后才能派出兽医进行奶牛检疫贸易。办理兽医派遣手续和申请进境检疫许可证进口代理公司应出口商发出的邀请办理两名兽医派遣手续，并向国家质检总局申请进境种牛检疫许可证；进口代理公司与国外出口商商签奶牛购买合同，在签订购买合同后开具信用证给出口商指定银行；选牛进口单位派专人到牧场选牛，通常选派5~7人分成两组各走不同路线选牛，每组一般包括进口商代表1人，兽医和翻译各1人；牧场检疫根据检验检疫机构的要求，被
选中的奶牛在运往隔离场的2周~3周之前需要在原牧场进行初次抽血检疫，每次检疫需要4天才能完成；隔离检疫通过牧场检疫的奶牛被送往中心隔离场再次检疫，为期至少30天；奶牛在入境时要按检验检疫机构有关规定进行现场检疫和隔离检疫。
入境检疫根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》，进口奶牛时必须按规定履行入境检疫手续。
有关步骤如下：
（1）报检在奶牛抵达口岸前，货主或其代理人须按规定向口岸检验检疫机关报检。
（2）现场检疫进口奶牛抵达入境口岸时，由检疫人员进入运输工具现场检疫。
（3）隔离检疫进境奶牛须在动物隔离场进行隔离检疫。隔离期为45天。
（4）检疫放行和处理检疫工作完毕后，口岸检验检疫机关对检疫合格的奶牛出具《动物检疫证书》和相关单证，准许入境。
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