一、办理企业登记备案
外商投资企业应持下列单证向所在地海关办理企业登记备案：
（一）中华人民共和国对外经贸管理部门或其授权机构签发的批准证书；
（二）中华人民共和国工商行政管理部门或其授权机构签发的营业执照；
（三）企业章程、合同以及对外经贸管理部门审批盖章的作为合同附件的进口设备清单；
（四）项目审批部门出具的《国家鼓励发展的内外资项目确认书》；
（五）验资报告。
上述经海关审核后，予以登记备案，在此基础上，要求企业填写《企业登记表》，办理报关单位注册登记手续。核发《外商投资企业征免税登记手册》。
二、进口货物的征免税申请
外商投资企业应于货物进口以前，向海关提交下列单证办理进出口征免税审批手续：
（一）填写《中华人民共和国海关对外商投资企业进口货物征免税证明》；
（二）货物的发票及清单一式二份；
（三）我经贸主管部门审批的《企业合同进口货物清单》。
海关接受企业的征免税申请后，以企业经批准的合同设备清单等核准征免税，核发《征免税证明》。《征免税证明》是按一批一证签发的，进口货物如分批到货或分口岸到货，则须分别申请办理征免税证明。
三、进出口货物的报关
外商投资企业进出口的货物在报关时，应交验下列单证：
（一）填写外商投资企业专用的浅蓝色进口货物报关单；
（二）货物的货运、商业单据；
（三）海关签章的《征免税证明》；
（四）属于国家规定应申领许可证的，应交验进出口货物许可证。
四、外商投资财产价值鉴定
凡外国及港澳台地区的公司、企业及其他经济组织及个人在中国境内举办的合资、合作和独资企业，作为投资进口的机器设备、零部件和其他物料以及交通工具生产用车辆和办公用品，须先行向当地商检机构报验，海关在办理外商投资企业进口货物报关手续时，在原有监管条件不变的基础上，加验商检机构出具的《外商投资财产价值鉴定报验通知单》。（国检务联[1997]347号）
五、其他情况
（一）外商投资企业只能在其经营范围内进口本企业所需的机器设备、原材料、零部件等。如外商投资企业经营进口一般贸易，需经经贸管理部门特殊批准，海关凭批件对其进口货物征税放行。
（二）外商投资企业只能出口本企业自产的产品。为了解决外汇平衡，需要从国内收购产品出口的，应事先报省级经贸管理部门批准，海关凭批件验放，属于出口许可证管理的商品，应向海关交验出口许可证。
