集装箱装载的货物可以分为下列四类：一是动植物及其产品和其他检疫物；二是带有木质包装和植物性铺垫材料的非动植物产品；三是散旧汽车零件、机件、废钢铁等；四是其他非动植物产品。据统计，进口集装箱中装载动植物产品的约占进口总箱数的10％；装载非动植物性产品但使用了植物性包装铺垫材料的进口集装箱约占进口总箱数的20％；而其余70％的进口集装箱尽管未运载动植物产品，也未使用植物性包装铺垫材料，但几乎百分之百来自动植物疫区，而且绝大多数都有木地板，也需依法实施检疫。同时，集装箱的重复使用，装载货物的更换，也可能使有害生物引起交叉感染；集装箱箱体内部有时会随货物携带泥土；集装箱箱体内有时会感染非洲大蜗牛。
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