一.入境船舶卫生检疫的法律依据
（1）《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则
（2）《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例
（3）《国际卫生条例》
（4）《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸查验办法》
（5）《实施电讯卫生检疫的规定》及其补充规定
（6）《海港电讯卫生检疫的要求与规程》
二.入境船舶的申报
要求船舶代理人在船舶预计抵达口岸７日前（航程不足７日的，在驶离上一口岸时），向入出境检验检疫机关呈递由港务监督审核批准的《国际航行船舶进口岸申请书》。船舶代理人在船舶抵达检疫锚地后，及时向检验检疫机关报告船舶动态和船员、旅客的健康情况，交通工具和员工的检疫证件是否齐全有效等内容。
三．入境船舶检疫查验
（1）施检
船舶到岸后，检疫人员要进行登轮检疫。首先检查是否悬挂申请检疫信号，是否有人员上下、货物装卸等情况，靠泊检疫的船舶是否悬挂防鼠板，夜间是否用强光照射舷梯等；检查是否发现检疫传染病或疑视检疫传染病，一经发现则进行相应的处理。
（2）船方应提交的申报和单证：
A.航海健康申报书1份。
B.检疫申报书1份（船用食品、 饮用水、 压舱水 、废旧物品、垫舱材料、 船用动植物及其产品、船员携带应检物情况等申报）。
C.船员名单、旅客名单各1份（无旅客免）。
D.总申报单1份。
E.货物申报单1份。
F.船用物品申报单1份。
G.除鼠或免予除鼠证书。
根据具体情况，还需提供下列单证：
H.船舶卫生证书。
I.沿途寄港表1份。（疫区来船或需要时）
J.进口载货清单及配载图各1份。
K.压舱水申报书。（装有疫区压舱水或需要时）
L.检查船员健康证书和预防接种证书及名单（中国籍船员须提供名单）
M.其他有关证书、航海日志等
四．入境船舶的分类管理
1．电讯检疫
具有有效《交通工具卫生证书》的船舶可申请电讯卫生检疫。
（1）什么情况不能实施电讯检疫？
A.来自人类传染病疫区的；
B.本航次有传染病病人、疑似传染病病人或有非意外伤害而死因不明的尸体； C.发现有死因不明的啮齿动物； D.装载废旧物品或需卫生除害处理的货物； E.船舶除鼠证书或免予除鼠证书过期；
F.船方电报或代理申请不符合要求的。
(2)电讯检疫的申办流程
A.船方通过代理以电报方式向检疫机关提出申请，代理根据电报资料填写《电讯检疫申请书》，在船舶抵达检疫锚地前24小时送交检疫机关，并附船方电报。
B.经审核符合电讯检疫条件的入境船舶，代理接到检疫机关的批复后，应及时通知船方，可以降下检疫信号，抵港后可以直接靠泊作业。但在港期间如需排放压舱水、卸下废旧物料、生活垃圾等物品，应向检疫机关申报，经必须的卫生处理和检疫机关许可后方可卸下。在电讯检疫船舶靠泊后，船舶代理应及时将有关单证资料送交检疫机关办理入境检疫手续。
C.对于不符合实施电讯检疫条件的入境船舶，必须按照有关法律、法规登轮办理船舶入境手续；
2.靠泊检疫
靠泊检疫指不在检疫锚地实施船舶入境检疫，而让其入港靠好码头后实施入境检疫，其前提是船舶来自非疫区且船上没有病人和其他特殊情况。
（1）对申请靠泊检疫的船舶，代理必须提前向检验检疫机关递交符合要求的《靠泊检疫申请书》。检验检疫机关街道靠泊检疫申请书后，应审核靠泊检疫理由是否正当，是否来自疫区，船舶各种检疫证件是否完整有效，各方面符合要求方能同意船舶进港。
（2）靠泊检疫的船舶，在检疫人员登轮之前，船方应保证无人员上下及货物装卸，如有此类情况发生，视情节轻重依法处理。实施检疫的要求同前述总体要求。应该特加强船舶靠港后的管理：船舶必须挂好防鼠档，在夜间用强光照射舷梯，垃圾、泔水、废旧物料、垫舱材料、船用动植物及产品、个人携带的应检物等未经许可不得移下。
3．随船检疫
随船检疫指船舶在抵达码头前的航行中实施入境卫生检疫。随船检疫适用于来自非疫区的无染疫或染疫嫌疑的船舶，检疫人员在锚地登轮，在船舶进港靠泊的过程中办理卫生检疫手续，对船员（旅客）和船舶实施检疫查验。
4．锚地检疫
锚地检疫指检疫人员到指定检疫锚地对入境船舶实施登轮检疫。检疫合格后，船舶方可进港靠泊。
（1）对下列船舶必须实施锚地检疫
A.来自传染病疫区的船舶、染疫或染疫嫌疑的船舶
B.货物需在锚地处理、过驳的船舶
C.其他紧急情况需及时登轮检疫的
5.临时检疫
在国境口岸的船舶发现检疫传染病、疑似检疫传染病，或有人非因意外伤害死亡并死因不明的而实施的检疫。
特殊船舶检疫包括军舰、子母船、避风船、难民船等船舶的卫生检疫。
