减免税备案、减免税审批和减免税后续管理中的相关审批事项实行三级审批作业制度。
(二)申请时限：除另有规定外，项目单位应在货物进出口15天前，持齐全有效单证向海关申请办理进出口货物减免税审批手续。
(三)受理时限: 海关受理备案申请和减免税审批申请，在单证齐全有效和电脑数据无疑义的情况下，应分别在受理之日起5个工作日内完成，如果该申请须由所在地主管海关上报直属海关审批，直属海关在接到有效的单证及电脑数据之日起5个工作日内做出批复。特殊情况除外。
(四)申请材料: 减免税项目备案、审批所需单证，详见附件。
(五)减免税备案手续
1项目单位在申请办理进出口货物减免税审批手续之前，应当向主管海关申请进行减免税备案。海关对申请享受减免税优惠政策的项目单位进行资格确认，对项目是否符合减免税政策要求进行审核，确定项目的减免税额度等事项。
2项目单位申请办理减免税备案手续时，应当填写《减免税备案申请表》，并向海关提交齐全有效的备案单证。
3海关对项目申请单位的主体资格和项目的资格进行形式审核。海关收到项目单位的减免税备案申请后进行审核。海关重点审核申请备案提交的单证是否齐全、有效，申请填报规范的，受理申请并自受理之日起5个工作日内作出批准或者不予批准的审批决定。申请材料不全或者不符合规定形式的，海关应当在收到申请材料之日起5个工作日内一次告之项目单位需要补正的全部内容
4项目单位因故需变更备案内容的，应向主管海关递交书面申请说明原因，并提交按规定需项目审批部门出具的意见，经海关审核后予以办理变更手续。
项目单位因故需撤销或停止执行的减免税项目，应向主管海关递交书面申请说明原因，并提交按规定需项目审批部门出具的意见，经海关审核后予以办理作废手续。
(六)进出口货物减免税审批手续
1项目单位应当在货物进出口前，填写《进出口货物征免税申请表》，并持齐全有效单证向主管海关申请办理进出口货物减免税审批手续。未在货物进出口前向海关申请办理减免税审批手续，视作自动放弃其有关货物的减免税资格，海关应当不予办理其有关货物的减免税手续。
2海关在受理进出口货物减免税手续前，审核所提交单证是否齐全、有效，各项数据填报是否规范，项目资金来源是否影响减免税货物的所有权。
海关受理项目单位申请后，审核申请减免税货物是否符合国家税收优惠政策规定，是否为不予免税商品，是否在减免税额度内，经审核无误后予以签发《征免税证明》，除另有规定外，有效期不超过半年。
3项目单位因故需变更已签发的《征免税证明》中可直接变更的栏目的，应当向主管海关提出书面申请，海关审核同意后予以变更;
因故需变更其他栏目或作废已签发的《征免税证明》的，应向主管海关递交书面申请，海关审核同意后予以变更或作废，并收回作废的《征免税证明》。
项目单位不慎遗失已签发的《征免税证明》且需重新办理的，应向主管海关递交书面申请，海关审核同意并经核实《征免税证明》的使用情况后，应及时将尚未使用的原《征免税证明》的电子数据予以作废，并重新签发《征免税证明》。
(七)减免税货物的税款退还和担保
1按照规定可予减免税的货物已征收税款的，并且项目单位在货物进出口前，按照规定持有关文件向海关办理减免税审批手续，项目单位可在货物实际进出口之日起3个月内持《征免税证明》、主管海关出具的货物进口前受理减免税审批申请的书面证明及其它有关单证向海关申请退税。
2正在海关办理减免税审批手续过程中，进出口货物已经到达港口，项目单位向海关申请先放行货物的，可凭主管海关出具的正在办理减免税审批手续的书面证明和足额税款担保向海关申请办理税款担保放行手续。税款担保期限一般不超过6个月。
项目单位不能提交主管海关出具的正在办理减免税审批手续的书面证明的，现场海关应当予以照章征税放行。
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