转关运输货物的通关程序如下：
1.进口转关运输货物。
(1)进口货物的收货人或其代理人应自运输工具申报进境之日起14日内，向进境地海关申报转关运输。
(2)申报货物转关运输时，进口货物的收货人或代理人应填制中华人民共和国海关进口转关运输货物申报单(以下简称“申报单”)，并交数据录入中心录入海关计算机报关自动化系统，打印成正式的申报单一式三份。
(3)进口货物收货人或其代理人应如实向海关申报，并递交申报单、指运地海关签发的进口转关运输货物联系单、随附有关批准证件和货运、商业单证(如货物的提单或运单、发票、装箱单等)。
(4)进口货物收货人或代理人申请办理属于申领进口许可证的转关运输货物，应事先向指运地海关交验进口许可证，经审核后由指运地海关核发进口转关运输货物联系单，并封交申请人带交进境地海关。
(5)进境地海关在接受进口货物收货人或代理人申报递交的有关单证后，要进行核对，核准后，要将上述有关单证制作关封，交进口货物的收货人或其代理人。
(6)进口货物的收货人或其代理人要按海关指定的路线负责将进口货物在规定的时限内运到指运地海关，向指运地海关交验进境地海关签发的关封，并应在货物运至指运地海关之日起14日内向指运地海关办理报关、纳税手续。
(7)指运地海关在办理了转关运输货物的进口手续后，按规定向进境地海关退寄回执，以示进口转关运输货物监管工作的完结。
(8)来往港澳进境车辆装载的转关运输货物，由车辆驾驶人员向进境地海关交验载货清单一式三份，并随附有关货运、商业单证，进境地海关审核后制作关封交申请人带交出境地海关，由出境地海关负责办理该车辆及所载货物的监管手续。
(9)保税仓库之间的货物转关手续，除应按办理正常的货物进出保税仓库的手续外，亦按上述(1)— (7)的程序办理手续。但在填报申报单时，在“指运地”一栏应填写货物将要存入的保税仓库名称。
(10)空运转关运输货物的转关手续，当指运地与运单的目的地相同时，可免填“申报单”，海关可不签发关封，由海关在运单上加盖“海关监管货物”印章。指运地与运单目的地不同时，仍按上述(1)—(7)的程序办理通关手续。
2、出口转关运输货物。
(1)出口货物的发货人或其代理人应向启运地海关申报出口转关运输货物。
(2)出口货物的发货人或其代理人在申报前应填制中华人民共和国海关出口转关运输货物申报单(以下简称“转关运输申报单”)、中华人民共和国海关出口货物报关单(以下简称“出口货物报关单”)，交启运地数据录入海关计算机报关自动化系统，并打印成正式的转关运输申报单和出口货物报关单，各一式三份。
(3)出口货物的发货人或其代理人应持转关运输申报单、出口货物报关单及随附有关货运、商业单证，向启运地海关办理报关、纳税手续。
(4)启运地海关在办理出口货物的报关、纳税手续后，签发出口转关货物联系单，并将上述有关单证制作关封，交申请人带交出境地海关。
(5)出境地海关在货物出口后按规定向启运地海关退寄回执，以示出口转关运输货物监管工作的完结。
(6)来往港澳的出境车辆装载的出口转关运输货物，由车辆驾驶人员向启运地海关交验出口货物报关单或载货清单一式三份，并随附有关货运、商业单证，启运地海关审核后制作关封交申请人带交出境地海关，由出境地海关负责办理该车辆及其所载货物的监管手续。
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