该管理办法有以下几个突出特点：
1、要求建立出口水果监督管理溯源体系。对水果的溯源要求符合国际水果产业发展趋势。该办法要求，出境水果来源应当清楚，企业或代理人应提供来源果园、包装厂的证明，否则不予受理报检。这一规定是为了阻止企业或代理人从市场上采购来源不明的水果直接用于出口，确保水果具有可追溯性，进而通过全过程监管来保证出口水果质量。
2、细化果园、包装厂监督管理要求，并实施注册登记制度。《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例规定，对出境动植物及产品生产、加工、存放过程实施检疫监督制度，对输入国有注册登记要求的还要对出境动植物及产品生产、加工、存放单位实施注册登记制度。该办法对出境水果果园、包装厂监督管理要求作了明确的细化，有很强的操作性。通过监管措施，一方面从源头抓好出口水果质量卫生管理，另一方面培养水果产业界安全卫生自查自律意识，进而提升我出口水果国际竞争力。
3、明确出口水果在不同检验检疫机构辖区管理配合问题。该办法规定，出境水果应向包装厂所在地检验检疫机构申请报检。注册果园对向本辖区外包装厂输送水果时，应提供由所在地检验检疫机构确认的产地供货证明。非注册果园向本辖区外包装厂出口水果时，应按照包装厂要求加强果园疫情、有毒有害物质管理，确保出境水果符合进口国的检验检疫要求，进而提高我国出口水果质量，维护中国产品声誉。
我国新疆喀什地区是水果生产大区，目前喀什地区已有与巴基斯坦开通的红其拉甫陆路口岸和喀什国际机场航空口岸，与塔吉克斯坦开通的卡拉苏陆路口岸，与吉尔吉斯开通的吐尔尕特、伊尔克什坦等陆路口岸。近年来随着我国与周边独联体和南亚国家贸易往来不断深入，我国新疆喀什地区与周边国家贸易快速发展贸易额呈逐年成倍增长趋势，在出口货物中地产水果出口量也稳步上升给当地新农村建设、增加农民收入方面起到了积极作用。据统计，2006年通过红其拉甫口岸出口到巴基斯坦的我国新疆地区产各类水果达669批、17047.41吨，出口量和批次较大增长出口形势喜人，通过红其拉甫口岸进行的中巴农产品出口贸易已进入快速稳步发展的最佳时期。
为此红其拉甫口岸检验检疫部门提醒各从事中巴出口水果企业或代理人，在2月1日《出境水果检验检疫监督管理办法》实施在即应提前学习和了解该办法，做好注册登记等相关准备工作，注重目前喀什地区水果产业发展参差不齐，出口产业链还不健全，水果果园、包装厂管理水平不高，植物疫情、农药残留等环节，从根本提高水果加工质量、产品档次，尽快改变出口水果企业间信息不共享、为了获取订单，竞相压价等不正当行为，大胆规范开拓巴基斯坦甚至塔吉克斯坦、吉尔吉斯等周边国家水果市场，积极促进我国新疆喀什地区农产品出口贸易。
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