各地出入境检验检疫机构是我国政府授权的签发普惠制产地证的唯一的机构，签证手续按《中华人民共和国普遍优惠制原产地证明书签证管理办法》办理。
(1)注册登记。申请普惠制产地证的单位，必须事先持有审批机关批准其经营出口业务的证明文件、营业执照及其他有关文件，向当地出入境检验检疫机构注册登记。从事来料加工、来件装配及补偿贸易的单位还得提交承办对外加工装配业务或补偿贸易的协议，合同副本及本批产品成本明细单等有关文件。出入境检验检疫机构经过审核和调查，对符合注册登记条件的予以注册登记。
申请单位的印章和证书手签人员必须在注册的同时进行登记。手签人员应是申请单位的法人代表(或法人代表授权的人员)并应保持相对稳定，如有变动，应及时向原登记机构申报。
(2)逐批申请签证。申请单位应在货物出运前５天，逐批向出入境检验检疫机构申请签证，并提交：
①填制正确、清楚的普惠制产地证申请书一份。
②缮制正确、清楚，并经申请单位手签和加盖公章的普惠制产地证格式A一式三份
③出口商品商业发票副本一份
④含有进口成份的产品，还得提交《含进口成份商品成本明细单》一式两份。
⑤复出口去日本的来料加工产品及以进养出商品，还应提交缮制清楚的、经申请单位手签并加盖公章的《从日本进口原材料的证明》(CERTIFICATEOFMATERIALSIMPORTEDFROMJAPAN)一式两份，及来料（或进料）发票副本和装箱单。出入境检验检疫机构接受申请后，认真审核证书各栏内容，必要时派员去生产厂核查，经查无误的，即予签发。
(3)申请更改、后发。普惠制产地证经签发后，申请人如需更改证书内容的，必须征得原签证机构的同意，全数退回原证书，填写更改单，提交更改凭证和重新缮制的普惠制产地证一式三份，经审核后予以重新签发。
特殊情况下，货物出运时未申请签发普惠制产地证，出运后外商又要求格式A证书时，申请单位可办理申请后发手续，但必须向出入境检验检疫机构提交货物确已出运的证明文件，经审核同意后，方能予以签发，并加盖“后发”印章。
