检验检疫“三电工程”原指电子报检、产地证电子签证和电子转单。为适应口岸“大通关”形势的发展，CIQ2000业务管理系统又增加了电子通关的功能。因此，现“三电工程”是指出入境货物检验检疫电子申报、电子转单和电子通关的简称。
电子申报包括电子报检和产地证电子签证。电子报检是指报检人使用电子申报软件，通过网络将出入境货物的报检数据以电子方式传输给检验检疫机构，经CIQ2000业务管理系统和检务人员处理后，将受理报检信息反馈报检人，实现远程办理出入境检验检疫报检的行为；产地证电子签证是指申领原产地证的企业，通过网络将申报原产地证的有关数据以电子方式传输给检验检疫机构，由检验检疫机构审查符合要求后办理证书，实现电子远程申请办理原产地证的行为。
电子转单是指通过网络将出境货物经产地检验检疫机构检验检疫合格后的相关电子信息传输到出境口岸检验检疫机构，入境货物经入境口岸检验检疫机构签发《入境货物通关单》后的相关电子信息传输到目的地检验检疫机构实施检验检疫的监管理模式。
电子通关是检验检疫机构与海关联网，通过“口岸电子执法系统”平台实现检验检疫机构和海关的业务数据的交换。
