出口企业如出现货物退税单证遗失，应立即到有关部门补办手续；否则，就不能办理出口退税。
出口企业遗失出口货物报关单（出口退税专用）需向海关申请补办的，出口企业须在出口之日起6个月内向海关提出补办申请，逾期海关不予受理！（注意啦^_^）出口企业申请补办须出具主管其出口退税的地（市）国家税务局签发的《补办出口货物报关单证明》
出口企业在向主管退税部门申请出具《补办出口货物报关单证明》时，应提交下列凭证资料：
1.《关于申请出具（补办报关单证明）的报告》。
2.出口货物报关单其他未丢失的联次。
3.出口收汇核销单（出口退税专用）。
4.出口发票。
5.主管退税部门要求的其他资料。
1.根据国家外汇管理局、对外贸易经济合作部、国家税务总局、海关总署关于《出口收汇核销管理办法补充规定》的规定：
（1）出口企业未办理报关就将核销单丢失的，必须在5个工作日内向外汇管理局申报，经核实批准后予以注销，外汇管理局将统一登报申明作废，费用由丢失核销单者负担。
（2）出口企业报关后将核销单遗失的，外汇管理局应凭报关单核销专用联或海关出具的有关出口证明上的核销单号及有关单据为出口单位先办理收汇核销及登报声明作废手续，然后再办理《出口收汇核销单退税联补办证明》
（3）出口企业对外汇管理局签发的核销单退税联遗失后申请补办的，外汇管理局必须凭主管出口企业退税的税务机关出具的与该核销单对应的出口未办理退税的证明，方可出具《出口收汇核销单退税联补办证明》。
2.补办程序。出口企业遗失出口收汇核销单（出口退税专用）后，应凭主管出口退税的税务机关出具的“出口收汇核销单退税联补办证明”，向主管外汇管理局提出补办申请。
出口企业再向主管出口退税的税务机关申请出具“出口收汇核销单退税联补办证明”时，应提供下列资料：
（1）关于申请出具（出口收汇核销单退税联补办证明）的报告》。
（2）出口货物报关单（出口退税专用）。
（3）出口发票。
（4）主管出口退税的税务机关要求提供的其他资料。
根据国家税务总局《关于出口企业遗失出口货物增值税专用缴款书后如何办理退税问题的批复》的规定，出口企业在申报退税时，如果因遗失而不能提供出口货物增值税税收专用缴款书（以下简称“税收专用缴款书”）的，则须提供由供货企业所在地县级以上主管征税机关签署意见并盖章的原税收专用缴款书复印件和供货企业所在地银行出具的该批出口货物原税收专用缴款书所列税款已入库证明，经审核无误后可以办理退税。
（一）税法规定
出口企业将货物报关实际离境出口后，因故发生退运情况，凡海关已签发出口退税报关单的，出口企业须出具主管其出口退税的地（市）国家税务局签发的《出口商品退运已补税证明》，海关方能办理退运手续。
本年度出口货物发生退运的，可在下期用红字（或负数）从简出口销售收入进行调整（或在年终清算时调整）；以前年度出口货物发生退运的，应补缴原出口退税款。
应补税额＝退运货物出口离岸价格*外汇人民币牌价*出口货物退税率若退运货物由于单证不齐等原因已视同内销货物征税的，则无须补缴税款。
（二）办理程序
出口企业在向主管出口退税的税务机关办理《出口商品退运已补税证明》时，应提供下列资料：
1.《关于申请出具（出口商品退运已补税证明）的报告》。
2.出口货物报关单（出口退税专用）。
3.出口货物运单或提单。
4.出口收汇划销单。
5.关于退运情况的说明。
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