问题：A公司是否可拒绝支付运费，并让该货运代理公司赔偿A方的损失？
解答：A公司与该货运代理公司之间的货运代理合同关系是依法成立的，且A方也承认国外的收货人收到了货物，虽然A方认为该公司未能安排10月31日的航班，给A方造成了损失，但这并不能成为拒绝支付运费的理由。因为，运费给付与运输瑕疵是两个不同的合同义务。当运输合同成立后，托运人应当给付运费或收货人在提取货物时给付运费，在货物运输发生瑕疵时仍然应当支付运费，除非托运货物实际没有运输或者发生欺诈，提出运输瑕疵的赔偿应当是一个独立的诉讼。而A公司与货运代理公司之间的货运委托书及货运单均约定为运费预付。在国际航空货物运输中，运费预付的债务人是托运人，运费到付的债务人为收货人，转委托如果并没有增加托运人的负担，行为人即使没有履行转委托告知义务，但并不因此损害托运人利益的，托运人应支付规定的费用。综上所述，A方仍应向该公司支付约定的运费。
至于A方遭受的损失，可以通过单独的诉讼来解决，但A方需要提供相关证据来证明因航班的延误给你方造成的损失，如果这些证据是在国外形成的，需履行相关的公证与认证手续。
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