船舶在港口发生的各种费用，大致可分为三类。
1. 有关船舶的费用：这类费用是向船方征收的费用，通常以船舶的总吨位或净吨位为计费的主要依据。这类费用包括下列方面：
(1) 船舶吨税。这是国际航行船舶进入港口时，由主权国家海关征收的一种关税。通常按船舶净吨位分为若干级别制定税率，以1个月、3个月或1年为计征期。在一个计征期内，同一船舶不论进港几次，只收一次吨税。凡与港口所在国家签订的贸易、通航协定中，有“优惠国条款”规定者，可享有最惠国待遇，按优惠税率计征。
(2) 船舶港务费。这是船舶进出港口和在港停泊期间，因使用港口的水域、航道和停泊地点，应按规定向港口当局交付的费用。有的港口把港务费分成多种费目征收，如疏浚费、港口管理局费、水闸费等。船舶港务费通常按船舶吨位总吨位或净吨位，以进出港合并征收一次。
(3) 引航费。国际航行船舶进出港口时，一般均是被强制引航的，为此船方必须支付按港口引航规定的引航费。各港的引航费计征办法也不一致，有的按船舶吨位计收，有的按船舶吃水和吨位双重因素计收。
(4) 拖轮费、停泊费、系解缆费等。这些费用是由提供这些劳务的管理部门，按规定的费率核收的，除期租船由承租人支付外，一般由船方支付。
(5) 灯标费、检疫费、结关费等。这些费用由有关的行政管理当局规定，并向船方核收。
除上述费用外，与船舶有关的费用还可包括倒垃圾费、交接船检验费、熏舱费、交通费、消防费、代理费等。
2. 有关货物的费用：
这类费用因货而发生，其数额与货物的种类及数量有直接关系。它包括货物港务费、搬运费、堆装费、平舱费、开关舱费、堆存保管费、驳运费、理货费等。上述费用除货物港务费由货方负担外，其余费用均应按提单或租船合同规定，由船方或货方或承租人负担。
3. 使用服务费：
这类费用是根据船方或货方的申请，由港口提供设备或劳务的机构，按规定的收费办法计收的。它包括租用各种船舶及各种机械设备、索具、工具、供油、供水、扫舱、看舱、拆装隔舱壁和其它杂务的费用。
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