直接报关进区的货物，操作流程如下：
1、保税货物进库前，货物所有权人应尽可能提前将预备进保税仓库的货物发票和装箱单复印件或传真件交仓储部，以便仓储部经理安排仓位和相关资源。
2、货物进库时，有纸报关的，送货人须将经卡口海关工作人员确认的备案清单复印件交仓库管理员;无纸报关的，送货人须将经卡口海关工作人员确认的《放行通知书海关验放联》及《货主留存联》及此货物的发票和装箱单交仓库管理员。
3、货物抵库后，仓库管理员向送货人索要上述单证并核对货物的数量、唛头、和包装是否吻合，如发现货物数量、唛头有任何不符合应立即上报仓储部经理并与客户联系，及时处理。如发现外包装破损时，应及时联系客户，并在原地拍照取证。
4、货物验收完毕后，仓库管理员应将货物堆放整齐，及时填写入库理货记录，做好《三级台帐》。将《入库理货记录》签字后连同单据移交给单证管理员，并将桩脚卡挂好
5、单证管理员接到单据后，根据仓库管理员的《入库理货记录》，将数据录入海关仓储管理系统，作进库处理，将单据归档。无纸报关的，还须将《放行通知书海关验放联》交清关部或客户向通关科交单。
先进区再报关出口的货物(视同出口或结转)操作流程如下：
1、货物进库前，货物所有权人应尽可能提前将预备进保税仓库的货物发票和装箱单复印件或传真件交仓储部，以便仓储部经理安排仓位和相关资源。
2、货物进库时，送货人在海关卡口需填写《非保税货物进区登记单》，详细填写入库货物的品名、数量、重量、金额及核销单号等，经卡口海关工作人员核对签字、盖章带回。
3、货物抵达仓库后，仓库管理员凭送货人带回的已经卡口海关工作人员核对签字、盖章的《非保税货物进区登记单》收货(无此凭证仓库管理员有权拒收此货)，核对无误后填写《入库理货记录》，连同进区登记单交单证管理员。
4、单证管理员接到《入库理货记录》和《非保税货物进区登记单》后，将《非保税货物进区登记单》和相关报关资料交指定的报关公司报关。
5、报关完毕后，单证管理员在收到海关电子数据后，根据《入库理货记录》并比对海关电子数据，如数据一致的，在海关保税仓储系统中作入库处理，如不一致的，须在查明原因后再处理，否则不作入库处理。入库后单证管理员须打印《进库清单》，传真《进库清单》给客户后与正本进境备案清单一体归档。
6、仓库管理员将桩脚卡挂好，填写入库台帐。
二、保税货物出库
1、根据客户传来数据录入海关仓库管理系统生成《出库提货单》，交客户或报关员报关。
2、报关完毕后，将提货单及报关单原件等交回我司仓储部，单证管理员将报关单号输入海关保税仓储系统后，发送电子数据给海关，并接收海关电子放行通知。
3、接客户货物出库指令后，仓储部经理按此指令制定《出库通知》，将出库通知交仓库管理员，由仓库管理员按《出库通知》要求，组织叉车驾驶员和仓库出货人员，将待发货物挑选出来并摆放在待发区或装上指定承运工具上。
4、货物装上指定承运工具，收货人对货物数量及包装情况签署意见，仓库管理员将收货人证件复印件、客户货物出库指令、仓储部经理《出库通知》和收货人收货意见表一起交单证管理员，单证管理员根据上述资料，将出库数据录入海关保税仓储系统，并生成实际《已核对通过出库提货单》，交收货人。
5、提货人到仓库提货所需资料，否则仓库不予发货：
(1) 需提供海关盖放行章的提货单(仓库核销联)等海关放行单证(已提供的不再提供)。
(2)客户正本出库指令或与仓储合同所示委托方传真号一致的传真件正本的出库指令。
(3)与出库指令一致的收货人身份证明原件。
6、仓库管理员在收货人提货后，登记桩脚卡，填写出库台帐。
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