不同类型仓库的功能有所差异，若按仓储系统的信息管理来分，但都包含了如下四个基本子系统：入库子系统、仓储子系统、装卸搬运子系统、出库子系统。若按功能区域划分，可划分成储货区、入库区、出库区和管理区。对于配送中心的附属仓库还有相应的信息子系统、货物分拣子系统和专用的分拣区。
一、入库子系统
该系统时仓储作业的缓冲区，承担着货物的接运、货物的验收以及办理入库手续、并将到库货物按储存要求拆开包装，组成新的存储单元，如托盘、包装或容器，并完成有关信息的登录等一系列活动。货物接运的主要任务是及时准确地从交通运输部门提取入库物质;货物验收的主要任务是核对证件、实物检验合入库登记。
在大多数情况下，货物在入库区采用的自然堆放方式，因此，入库子系统的面积大小应能保证上述工作的顺利进行;为提高仓库的入库效率，应考虑从载重汽车或列车上接运货物的装卸工艺合装卸设备的布置及将货物从入库区送往库存区的输送系统，尽量减少货物在入库区内装卸作业次数合装卸作业时间，实现物流的机械化。此外，在规划该子系统时，还应考虑仓库管理部门的办公场所、控制中心所需空间、空托盘的堆放空间和库内运输车辆的停车场所及必要的消防设施。
二、仓储子系统
该系统的任务是做好货位的管理工作及仓储物品的养护工作，如防虫、防鼠害作业、防腐作业、防锈蚀作业、防老化、防变质作业合仓储中的安全工作，保证仓储物品不受环境影响，使其本身的物理、化学、生物性能不发生变化。
货物在仓库内的存入合堆码方式一般有自身堆码、托盘堆码合货架存放三种方式：
1、自身堆码
自身堆码就是将同一种货物，按其形式、质量、数量和性能等特点，码垛成一个个货堆。在货堆与货堆之间留有供人员或搬运设备出入的通道。常见的堆码方法有重迭式堆码(板材)、纵横交错式堆码、正反交错式堆码和旋转交错式堆码等。
(1)重迭式
即各层码放方式相同，上下对应。这种方式的优点是，工人操作速度快，包装货物的四个角和边重迭垂直，承载能力大。缺点是各层之间缺少咬合作用，容易发生塌垛。在货物低面积较大的情况下，采用这种方式具有足够的稳定性，如果再配上相应的紧固方式，则不但能保持稳定，还可以保留装卸操作省力的优点。
(2)纵横交错式
相邻两层货物的摆放旋转90度，一层横向放置，另一层纵向放置。每层间有一定的咬合效果，但咬合强度不高。
(3)正反交错式
同一层种，不同列的货物以90度垂直码放，相邻两层的货物码放形式是另一层旋转180度的形式。这种方式类似于建筑上的砌砖方式，不同层间咬合强度较高，相邻层之间不重缝，因而码放后稳定性较高，但操作较为麻烦，且包装体之间不是垂直面相互承受载荷，所以下部货物容易压坏。
(4)旋转交错式
第一层相邻的两个包装体互为90度，两层间码放又相差180度，这样相邻两层之间互相咬合交叉，货体的稳定性较高，不易塌垛。其缺点是，码放的难度较大，且中间形成空穴，降低托盘的利用效率。
采用自身堆码时，，货堆的高度受货物强度的制约，一般以最低层货物不被压坏为前提，另外货堆的高度还受堆垛设备(如叉车)提升高度的限制。故货堆的高度一般小于4m。这种堆码方式是一种最简单、最原始的堆码方式。
如果货物的包装比较规整，而且有足够的强度时，则可采用无托盘的自身堆码方式。在叉车上装一些属具，如纸箱夹，推出器等进行作业。
2、托盘堆码
托盘堆码即将货物码在托盘上，货物在托盘上码放方式可采用自身堆码采用的码放形式，然后用叉车将托盘货一层层堆码起来。对于一些怕挤压或形状不规则的货物，可将货物装在货箱内或带立柱的托盘上。由于货箱堆码时，是由货箱或托盘立柱承受货垛的重量，故这种托盘应具有较高的强度和刚度。
采用托盘堆码时，其堆码和出入库作业常采用叉车或其它堆垛机械完成，采用桥式堆垛机时，堆垛高度可达8m以上，故其仓库容积利用率和机械化程度比自身堆码有较大的提高。
3、货架存放
在仓库内设置货架，将货物或托盘放在货架上。采用货架存入的最大有点为：货物的重量由货架支撑，互相之间不会产生挤压，可实现有选择的取货或实现先入先出的出库原则。总之，货架存放形式为仓库的机械作业和计算机管理提供了必要的条件。
三、装卸搬运子系统
该系统包括货物的入库、出库机械系统及货架(货垛)堆取作业机械系统。若无特殊要求，可将出入库机械系统合为一体。货物的运输可以采用人力驱动，也可采用半自动或全自动的方式，借助辊道输送机、链式输送机、叉车、堆垛机，辅以行车、手推车、电瓶搬运车完成货物的出入库及上、下货架作业。
仓库作业的机械配置如下表：
仓库作业 设备类型
出库、入库 叉车、搬运车、堆垛机、起重机械、输送机械等
分拣、配货 分拣车、搬运车、输送机、包装机械等
流通加工 包装机械等
四、出库子系统
货物的出库、发运是储存过程的终止，也是仓库作业的最后一个环节。该系统承担着整理、包装出库物资，核对出货凭证并登帐及向承运机构点交货物。物出库时，一般遵循“先进先出”的原则，对有效期限的货物要在限期内发放完毕;对于采用自身堆码和托盘堆码方式的仓库，也可采用“后进先出”的方式;对多品种小批量的货物出库可以采用拣选出库。
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