以保证金方式保证其履行海关规定的义务，目前的应用范围主要有三种情况：
①担保人必须以缴纳保证金方式申请担保
例如，对要求减免税的进口货物在办结海关手续前，担保人申请担保，要求先放行货物，应支付保证金。
②由海关视监管需要，要求担保人以缴纳保证金方式申请担保
对于海关担保制度未明确应采用哪种方式担保的，海关将视进出口货物及其经营单位的具体情况决定，一般情况下，以采用保证函方式为主，但对信誉较差的企业或者敏感性较强的商品则将要求担保人采用保证金方式提供担保。
③担保人自选保证金方式申请担保
对于海关担保制度未明确规定，海关也未要求担保人必须用保证金方式申请担保的，通常担保人都将采用保证函方式申请担保。但担保人从自身的实际情况考虑，选择采用保证金方式申请担保的，海关也将允许。
2．保证函的应用
除上述须用保证金申请担保的外，担保人均可以保证函方式申请担保。
在实施保证函担保时，因担保人所要担保的情况不同，在实际使用时，对担保人的身份亦有相应的要求。
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