为了进一步加强和完善外国司船舶运输收入的税收管理以及国际海运业对外支付管理，国家税务总局、自家外汇管理局2001年12月4日发布了《关于加强外国公司船舶运输收入税收管理及国际海运业对外支付管理的通知》(国税发[2001]139号)(以下简称《通知》。该通知自2002年5点1日起执行。
(通知)规定，负责向取得船舶运输收入的外国公司直接或间接支付运费的单位或个人为外国公司应纳税款的扣缴义务人，包括外商独资船务公司、国家船舶代理公司、国际货运代理公司、以及其他对外支付国际海运运费的单位或个人。扣缴义务人在每次对外支付运费前，以对外支付运费总额为应纳税入总额，按照规定的税串直接从纳税人的运费总额中代扣应纳税款。同时，扣缴义务人应分别向当地主管国家税务局报送(代扣代缴外国公司船舶运输收入所得税报告表)，向地方税务局报送(代扣代缴外国公司船舶运输收入营业税报告表)。
按照我国同其他田家缔结的避免双重征税协定、互免海运企业国际运输收入协定、海运协议以及英他有关协议或换文，外国公司可以享受减税或免税待遇的，须自行或委托其扣缴义务人分别向当地主管国家税务局填报(外国公司船船运输收入免征企业所得税证明表)，向当地主管地方税务局填报(外国公司船舶运输收人免征营业税证朗表)，并提供其他有关证明文件。末申增免税或不能提供有关证明文件的，不得享受免税待遇。外国公司不能及时提交免税证明的，应先按规定交税，待取得免税证明后再办理退税。
扣缴义务人在国际贸易出口项下向外国公司支付运费时，应向外汇指定银行提交完税凭证或免税证明。不能按要求提供完税凭证或免税证明的，不得对外付汇。根据《税牧征收管理法》的规定，扣缴义务人应扣末扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣末扣、应收来收税款50%以上三倍以下的罚款。
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